Trước tình hình, các rạn san hô đẹp bị xâm hại, khai thác một cách nghiêm trọng. UBND tỉnh Phú Yên đã mời các chuyên gia, nhà khoa học thuộc Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga đến Phú Yên tiến hành khảo sát sơ bộ các rạn san hô tại một số điểm có khả năng phát triển du lịch sinh thái biển.

3 điểm được chọn khảo sát gồm: Hòn Lao Mái Nhà, Hòn Yến của huyện Tuy An và khu vực biển Hòn Nưa, huyện Đông Hòa.

Kết quả ban đầu cho thấy, các rạn san hô ở đây tương đối đa dạng về chủng loại, đẹp và có giá trị nhiều mặt, trong đó có phát triển du lịch. Hiện trạng cũng cho thấy các rạn san hô ở đây đã và đang bị hủy hoại.

Ngoài nguyên nhân do bão biển đánh gãy, phần lớn rạn san hô đã bị tác động tiêu cực từ con người như ô nhiễm môi trường, khai thác san hô, giẫm đạp, săn bắt hải sản... trong đó nghiêm trọng nhất là rạn san hô khu vực Hòn Yến.

Theo Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Phú Yên, tháng 6 tới, sau khi có chỉ đạo của UBND tỉnh, Sở sẽ tiếp tục chương trình khảo sát chi tiết, đánh giá cụ thể thực trạng các rạn san hô, từ đó đưa ra giải pháp bảo vệ, phục hồi và phát triển. Trong đó, đặc biệt quan tâm rạn san hô khu vực quần thể Hòn Yến, vì đây là Di tích danh thắng quốc gia cần được bảo tồn theo Luật Di sản.